حضرت آیتالله خامنهای، رهبر معظم انقلاب حوزههای علمیه را نیز همچون سایر مجموعهها نیازمند تحول دانستند و فرمودند: «حوزه علمیه برای مردم و تبلیغ و پیشبُرد دین و ایجاد حاکمیت دینی است که با توجهبه در حال تحول بودن جامعه، حوزه علمیه هم باید برای انجام صحیح وظایف خود روزآمد شود.» ایشان بهروزرسانی کتابها و شیوههای درسی در حوزههای علمیه و ورود به مسایل موردنیاز جامعه از جمله مسایل پولی و مالی، حکمرانی، خانواده و مسایل جدید همچون رمزارزها را از جمله الزامات تحول در حوزه علمیه خواندند و افزودند: «مخالفت با تحول حوزه علمیه، مخالفت با پیشرفت دین در کشور است، البته کسانی باید تحول را ایجاد کنند که صلاحیت آن را داشته باشند.»
